Daenerys Targaryen è un personaggio protagonista della saga fantasy Cronache del ghiaccio e del fuoco di George R. R. Martin. Appare sin dal primo romanzo, Il gioco del trono.
Daenerys della Casa Targaryen, è figlia del precedente sovrano Aerys II Targaryen detto il Re Folle, ed è la principessa ed unica erede di diritto dei Sette Regni. Daenerys venne portata in esilio appena nata insieme al fratello Viserys, col quale inizialmente progetta la riconquista di Westeros. Dopo la morte del fratello e del marito Khal Drogo, tenta di abolire la schiavitù nelle terre di Essos.
Daenerys presenta un carattere in principio fragile e insicuro, ma a causa delle avversità che le si presentano, e soprattutto dalle vessazioni a cui è sottoposta dal fratello cambia radicalmente, diventando forte, risoluta e spietata quando necessario, rivelando talvolta il tipico temperamento ostinato dei Targaryen.
Daenerys ha poco più di tredici anni all'inizio della saga e presenta le fattezze tipiche dei membri della Casa Targaryen, di origine valyriana: ha una pelle molto chiara, capelli di un biondo argentato e occhi viola. Viene descritta come una fanciulla di rara bellezza, quasi onirica, dal corpo minuto ed esile e viene spesso definita molto somigliante alla sua antenata Naerys.
Come tutti i Targaryen, Daenerys è piuttosto resistente al calore e adora le alte temperature, da cui la sua abitudine a fare il bagno nell'acqua quasi bollente. Al termine del romanzo Il gioco del trono, Daenerys sopravvive alle fiamme, dopo essersi gettata nella pira funeraria di khal Drogo: tuttavia, a differenza di quanto lasciato intendere nella serie TV, la Daenerys dei romanzi non è immune al fuoco e l'essere sopravvissuta in tale occasione costituisce, come spiegato dallo stesso George Martin, un evento magico, unico e probabilmente irripetibile.
Durante la saga acquisisce numerosi titoli. Quando è annunciata il suo nome completo è: Daenerys della casa Targaryen, "Nata dalla tempesta", la prima del suo nome, regina degli Andali, dei Rhoynar e dei Primi Uomini, signora dei Sette Regni, protettrice del Regno, principessa di Roccia del Drago, khaleesi del Grande Mare d'Erba, "la Non-bruciata", "Madre dei Draghi", regina di Meereen, "Distruttrice di catene".